In eurem Fall braucht ihr anscheinend ein Programm, dass zumindest einen Maskierungsmodus hat, oder wenigstens die Möglichkeit, eigenständig Pixel "ins Bild zu malen". Zusätzlich am besten noch einen Motion-Tracker mit dazu, der praktisch den Augen folgt oder was auch immer ihr verdecken wollt - das ist der eigentliche Knackpunkt. Ein Tracker ist zwar nicht zwingend notwendig, aber es kann sehr ermüdend werden, 25 Bilder pro Sekunde einzeln zu bemalen - bei einem Drei-Minuten-Filmchen (25 B * 60s * 3m) kriegt ihr da die Krise
Alternativ funktioniert auch ein Programm, dass eine Pfad-Funktion hat.
Die Krux mit den Videobearbeitungsprogrammen ist die, dass es ein sogenanntes Bedürfnisdreieck gibt: Bedienbarkeit, Umfang und Preis. Man kann immer nur zwei der Dinge haben, das andere bleibt auf der Strecke.
Bei eurer Anforderung könntet ihr es mit Lightworks versuchen, das ist kostenlos und ziemlich mächtig - wer sich allerdings nicht so richtig damit auskennt, ist schnell überfordert. Profi-Programme haben eben das Problem, dass sie nicht viel erklären, da sie davon ausgehen, dass der Bediener genau weiß, was er will.
Für Einsteiger, die in die Videobearbeitung einsteigen wollen, ist der Magix Video Deluxe 2016 (ca 65 Euro) ganz gut geeignet. Auf YouTube gibt es Tutorials, wie man damit sich bewegende Gesichter verpixelt.
Das Thema ist ziemlich umfangreich (ich bin gelernter Mediengestalter, und Schneiden ist eine Sache für sich, dass wird euch jeder Editor sagen können), und der Einstieg kann sehr verwirrend sein. Lasst euch aber nicht abschrecken. Ist wie beim Sex: Das erste ist furchtbar, aber je öfter man's macht, desto besser klappt's!