Hi Dream,
es scheint Du vermischt da Einiges zu einem kunterbunten Allerlei.
Das Dateisystem des MacOS kümmert sich darum, dass Deine Daten auf der Festplatte nach den meisten Crashs immer wieder-herstellbar bleiben, (journaling)
Das Neu-aufsetzten des Betriebsystems wird Dir Dr. Cleaner auch nicht abnehmen können, Du sprichst von Sicherheits-Updates oder von Neuen Betriebsystem-Versionen? 10.8. > 10.9 > 10.10 ?
Warum willst Du ein Programm entfernen? Ich war auch mal (am Anfang meiner Mac-Karriere) viel am kaputt löschen, grins.
Du bist der Meinung das Entfernen von 40GB (etwa ein Prozent einer modernen Festplatte) hat an Deinem Mac etwas verändert, konntest Du mit einem Test-Programm einen Geschwindigkeits-Zuwachs feststellen?
Das Festplatten Dienstprogramm bietet zwei Testfunktionen, die Überprüfung der Zugriffsrechte sollte man ab und zu mal bemühen. Das Reparieren der Dateistruktur funktioniert auf der System-Platte nur, wenn Du z.B. von einem externen Stick Deinen Mac startest.
Es gibt auch einen Hardware Test, und Startup-Prozeduren die Dir helfen Deinen Mac zu diagnostizieren und zu reparieren falls mal was kaputt ist.
Der wichtigste Schritt zu mehr Sicherheit ist die Verwendung der Backupsoftware Time-Machine.
Mehr (genügend) RAM installieren, Hintergrundprozesse minimieren (Kontrolle mit dem Programm Aktivitätsanzeige)
einen Malwarescanner (z.B. Sophos) ab und zu bemühen, hilft ebenso ein sicheres zuverlässiges System zu betreiben.
Falls es zu schweren Fehlern kommen sollte, gibt es spezialisierte Programme z.B. DiskWarrior...