Du könntest dieselbe Frage auch stellen, ohne Fuji und Nikon miteinander zu vergleichen. Du könntest Dich bei Fuji intern z.B. auch fragen, was der Unterschied zwischen den Fuji APS-C Sensoren und Ihren Mittelformat-Sensoren ist, es ist nur ein weiterer Schritt zu noch mehr Sensorgröße ,verglichen mit KB.
Das Ergebnis bleibt gleich, alle Sensoren bringen Ihre Vor- und Nachteile mit. Arbeitet man fotografisch in einem Bereich (und muss damit Geld verdienen) indem gilt, dass mehr Megapixel nur durch noch mehr Megapixel zu verbessern ist, müsste man sogar zum Mittelformat greifen. Aber das ist eben nur etwas für eine Nische, die das unbedingt braucht für Ihren Job.
Als Privatanwender bzw. Amateur stellen sich gänzlich andere Fragen, bzw. muss man sich stellen. Was will man selbst, was sind die Ansprüche, welche Nachteile bin ich bereit bei der ein oder anderen Entscheidung in Kauf zu nehmen usw. Das kann jeder nur für sich beantworten, pauschalisierte urteile passen nicht für jeden.
Ich zum Beispiel habe es nie bereut mich mitte der 2000er Jahre für das Pentax-System entschieden zu haben, aber ich habe auch keine Bauchentscheidung getroffen, sondern über 1 Jahr alles gegeneinander abgewogen. Die Nachteile (ein schwacher Autofokus) fielen bei mir damals nicht ins Gewicht, da ich hauptsächlich outdoor-landscapes bzw. mal Architektur in Städten fotografierte. Zudem maß ich der wetterfesten, robusten Verarbeitung immer ein hohes Bedeutungsmaß bei. Ich akzeptierte auch, dass Pentax kein Kleinbild im angebot hatte, ich musste notgedrungen bei APS-C bleiben.
2016 kam dann mit der K1 das Vollformat hinzu und auch ich schlug dabei zu, behielt aber den APS-C Body, manchmal will ich einfach mit weniger Gewicht rumrennen und die Objektive sind dank gleichem Bajonett untereinander eh austauschbar.
Mit der K1 gesellten sich aber noch zwei neue Gebiete in der Fotografie in mein Hobby. Die Astrofotografie und Portrait. Letzteres war mit den modernen Objektiven, dank stark verbessertem Autofokus nun auch kein Problem mehr und im Astrobereich, gibt es eh das alleinstellungsmerkmal, dass niemand auf dem Markt ein eingebautes Astrotracing im Gehäuse anbietet, außer Pentax. Wenn ich auf den Kanaren urlaub machen möchte, brauch ich im Koffer kein professionelles Nachführgerät auch noch mitschleppen, oder in den Bergen beim wandern, nein ich hab es immer dabei.
Was will ich damit sagen, denn ich will ja keine Werbung für pentax machen...?
Manchmal weiß man einfach noch gar nicht vorher, warum sich gewisse Entscheidungen im Nachhinein als richtig, oder doppelt richtig herausstellen. Ich wusste schlicht nicht, was 15 Jahre später ein neues Fotografiegebiet von mir sein würde und das der Hersteller, für den ich mich damals entschieden hatte, das perfekte Paket dafür liefern würde.
Das gleiche kann Dir auch, in anderer Weise, mit der Entscheidung für Fuji passieren, denn im Grunde gibt Nikon ja auch seine DSLR Kundschaft (und damit das Bajonett) auf. Du wirst vielleicht erst in ein paar Jahren schlussendlich mit Gewissheit sagen können, ob die Entscheidung Fuji Aps-C sich für dich rückwirkend gelohnt hat.
Wenn sich diese Entscheidung aber jetzt schon für dich vom Bauch her richtig anfühlt, dann ist glaube ich auch kein Gedanke darüber zu verschwenden pro/contra Sensorgrößen/Marken usw.
Einfach rausgehen genießen und shooten ist die Devise